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Primer3

5月 16, 2007
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以前の計算機ではPrimer3のCUI版を入れていてひっそりと独りで使っていたのですが、それもOSXの上で動かす方が手っ取り早いこともあり、その存在すら忘れていました。
今度の計算機はCPUも速いしメモリーもあることだし、せっかくなのでWeb(GUI)フロントエンドを入れてみようと思っていたのですが、大将からいきなりPrimerを作りたいのだがと言われ、んならもうやってしまおうと始めてみました。

# portinstall primer3
# rehash
この状態だったらコンソールからならもうそのまま使えます。
次はGUI用の設定。
まず、本家Primer 3からPrimer3-web(primer3-web-cgi-bin-0.3.0.tar.gzとprimer3-web-htdocs-0.3.0.tar.gz)を落としてきて、展開します(OSXであればそのままダブルクリックでフォルダになります)。ftpでそれぞれ適当なディレクトリにputします。
実行権限を付加します。
# cd /usr/local/www/apache22/cgi-bin/primer3-web-cgi-bin-0.3.0/
# chmod 705 primer3_results.cgi
primer3_www_help.cgi primer3_www_results_help.cgiも同様に
そのままだとprimer3_coreが無いとエラーを返して来るのでcgiを弄るかってとこですが、面倒だったので、
# cp /usr/local/bin/primer3 /usr/local/bin/primer3_core
と言う感じでprimer3_coreを別に作っちゃいました。
そして、実行すると…..
エラーが来ます。
/bin/niceの子プロセスがどうこうって感じのエラーなので今度はスクリプトを修正。
primer3_results.cgiの161行目
my $cmd = “/bin/nice -19 $PRIMER_BIN -format_output -strict_tags”;

my $cmd = “/usr/bin/nice -19 $PRIMER_BIN -format_output -strict_tags”;
これはFAQにも載っていました。
これでできあがりです。
使ってくれるかな?

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3件のコメント leave one →
  1. 5月 16, 2007 2:48 pm

    下手な英語の書き込みはやめようと思う。。。。というか。。。日本語読めないと思ったのに。。。あっさり読めたらしい。。。すごい落ち込み独り言です。。。。ぶちぶち。。。写真を見れてうれしかったのに。。。

  2. 5月 17, 2007 10:54 am

    あんまりにも不憫だから消しといたよ

  3. 5月 17, 2007 4:01 pm

    本当に!ありがとうございます。

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