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running eigenstrat

6月 24, 2010
by

今度はビルドしたeigenstratの実行。
の前に、作ったバイナリを適当な場所に移動させる。

ray@ray-ubuntu:~$ cd eigensoft/
ray@ray-ubuntu:~/eigensoft/$ sudo cp -r /home/ray/eigensoft/bin /usr/local/eigensoft/bin

実行前のPATH環境を確認。

ray@ray-ubuntu:~/eigensoft/$ echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games

で、PATHを通す。

ray@ray-ubuntu:/usr/local$ PATH=$PATH:/usr/local/eigensoft/bin
ray@ray-ubuntu:/usr/local$ export PATH
ray@ray-ubuntu:/usr/local$ echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/eigensoft/bin

とりあえず同梱されているexampleファイルを実行させてみる。
実行前の状態は

ray@ray-ubuntu:~/eigensoft/EIGENSTRAT$ ls -al
合計 124
drwxrwxrwx 2 ray ray  4096 2009-04-22 06:19 .
drwxr-xr-x 7 ray ray  4096 2010-06-24 16:19 ..
-rwxrwxrwx 1 ray ray 13002 2009-04-11 04:27 README
-rwxrwxrwx 1 ray ray   115 2009-04-11 04:23 example.QTL.chisq
-rwxrwxrwx 1 ray ray   141 2009-04-11 04:23 example.QTL.chisq.GC
-rwxrwxrwx 1 ray ray   182 2009-04-11 04:23 example.QTL.chisq.par
-rwxrwxrwx 1 ray ray   175 2009-03-20 04:25 example.QTL.ind
-rwxrwxrwx 1 ray ray   971 2009-04-11 04:27 example.QTL.perl
-rwxrwxrwx 1 ray ray   115 2009-04-11 02:45 example.chisq
-rwxrwxrwx 1 ray ray   141 2009-04-11 02:45 example.chisq.GC
-rwxrwxrwx 1 ray ray   173 2009-04-11 02:45 example.chisq.par
-rwxrwxrwx 1 ray ray    65 2009-04-11 04:23 example.eval
-rwxrwxrwx 1 ray ray    42 2009-03-20 04:25 example.geno
-rwxrwxrwx 1 ray ray   170 2009-03-20 04:25 example.ind
-rwxrwxrwx 1 ray ray   185 2009-04-11 04:23 example.log
-rwxrwxrwx 1 ray ray   761 2009-03-20 04:25 example.oldstyle.perl
-rw-rw-r-- 1 ray ray   101 2009-04-11 04:23 example.pca
-rwxrwxrwx 1 ray ray   347 2009-04-11 04:23 example.pca.evec
-rwxrwxrwx 1 ray ray   234 2009-04-11 04:23 example.pca.par
-rwxrwxrwx 1 ray ray   903 2009-03-20 04:25 example.perl
-rwxrwxrwx 1 ray ray     6 2009-03-20 04:25 example.pheno
-rwxrwxrwx 1 ray ray  3169 2009-04-11 04:23 example.plot.pdf
-rwxrwxrwx 1 ray ray 13548 2009-04-11 04:23 example.plot.ps
-rwxrwxrwx 1 ray ray   175 2009-04-11 04:23 example.plot.xtxt
-rwxrwxrwx 1 ray ray   427 2009-03-20 04:25 example.snp

example.perlを実行してみる。

ray@ray-ubuntu:~/eigensoft/EIGENSTRAT$ ./example.perl
smartpca.perl -i example.geno  -a example.snp  -b example.ind  -k 2  -o example.pca  -p example.plot  -e example.eval  -l example.log  -m 5  -t 2  -s 6.0 
smartpca -p example.pca.par >example.log
ploteig -i example.pca.evec -c 1:2  -p Case:Control  -x  -y  -o example.plot.xtxt 
evec2pca.perl 2 example.pca.evec example.ind example.pca
smarteigenstrat.perl  -i example.geno  -a example.snp  -b example.ind  -p example.pca  -k 1  -o example.chisq  -l example.log 
smarteigenstrat -p example.chisq.par >example.log
gc.perl example.chisq example.chisq.GC

こんな感じで処理が終わる。終わった後のファイルを見てみると、

ray@ray-ubuntu:~/eigensoft/EIGENSTRAT$ ls -al
合計 124
drwxrwxrwx 2 ray ray  4096 2009-04-22 06:19 .
drwxr-xr-x 7 ray ray  4096 2010-06-24 13:37 ..
-rwxrwxrwx 1 ray ray 13002 2009-04-11 04:27 README
-rwxrwxrwx 1 ray ray   115 2009-04-11 04:23 example.QTL.chisq
-rwxrwxrwx 1 ray ray   141 2009-04-11 04:23 example.QTL.chisq.GC
-rwxrwxrwx 1 ray ray   182 2009-04-11 04:23 example.QTL.chisq.par
-rwxrwxrwx 1 ray ray   175 2009-03-20 04:25 example.QTL.ind
-rwxrwxrwx 1 ray ray   971 2009-04-11 04:27 example.QTL.perl
-rwxrwxrwx 1 ray ray   115 2010-06-24 16:18 example.chisq
-rwxrwxrwx 1 ray ray   141 2010-06-24 16:18 example.chisq.GC
-rwxrwxrwx 1 ray ray   173 2010-06-24 16:18 example.chisq.par
-rwxrwxrwx 1 ray ray    65 2010-06-24 16:18 example.eval
-rwxrwxrwx 1 ray ray    42 2009-03-20 04:25 example.geno
-rwxrwxrwx 1 ray ray   170 2009-03-20 04:25 example.ind
-rwxrwxrwx 1 ray ray   172 2010-06-24 16:18 example.log
-rwxrwxrwx 1 ray ray   761 2009-03-20 04:25 example.oldstyle.perl
-rw-rw-r-- 1 ray ray   101 2010-06-24 16:18 example.pca
-rwxrwxrwx 1 ray ray   347 2010-06-24 16:18 example.pca.evec
-rwxrwxrwx 1 ray ray   228 2010-06-24 16:18 example.pca.par
-rwxrwxrwx 1 ray ray   903 2009-03-20 04:25 example.perl
-rwxrwxrwx 1 ray ray     6 2009-03-20 04:25 example.pheno
-rwxrwxrwx 1 ray ray  3169 2009-04-11 04:23 example.plot.pdf
-rwxrwxrwx 1 ray ray 13548 2009-04-11 04:23 example.plot.ps
-rwxrwxrwx 1 ray ray   175 2009-04-11 04:23 example.plot.xtxt
-rwxrwxrwx 1 ray ray   427 2009-03-20 04:25 example.snp

できあがったexample.logの中身を見ると、

ray@ray-ubuntu:~/eigensoft/EIGENSTRAT$ cat example.log
parameter file: example.chisq.par
genotypename: example.geno
snpname: example.snp
indivname: example.ind
pcaname: example.pca
outputname: example.chisq
numpc: 1
qtmode: NO
ray@ray-ubuntu:~/eigensoft/EIGENSTRAT$ cat example.pca
2
3.1450
0.4790
  0.6502  0.0875
  0.3589  0.0804
 -0.0781 -0.6017
 -0.3982  0.7316
 -0.5328 -0.2977

ってことなんで一応大丈夫かな。

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