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cgiとかperlとか

8月 5, 2010

予定より1週間近く遅れているOSX Server計画ですが、なかなか進みません。
こればっかりやっているわけにもいかないし、でも急がないとならないし……
今日の作業はcgi関係。
まずはwebformを使ったシークエンスなどの受付システムです。

  1. サーバ管理>Web>設定>モジュールで、cgi_moduleを有効化し、
  2. /Library/WebServer/CGI-Executablesにcgi関係を置いて実行できるように整え、
  3. perlとかのPATHを修正

という手順で完了です。
OSX ServerでにperlのPATHは/usr/bin/perlでした。

続いてPrimer3。

  1. ソースコードをPrimer 3から入手。
  2. Release 2.2.2-beta (March 12, 2010)にはSnowLeopard用のMakefileもありましたが、それを使うとmakeに失敗したので普通に実行しました。

  3. ソースからビルド。
  4. $ cd ~/Downloads/primer3-2.2.2-beta/src 
    $ make
    $ make test

    testは10分くらいかかりました。

  5. 然るべき場所へ移動
  6. $ sudo cp ./primer3_core /bin/primer3_core
  7. cgi関係を入手
  8. primer3-web-htdocs-0.3.0.tar.gz、primer3-web-cgi-bin-0.3.0.tar.gzをSourceForge.netより。

  9. 展開して然るべき場所へ移動
  10. primer3-web-cgi-bin-0.3.0は/Library/WebServer/CGI-Executables/に置いて、実行権限を与えます。primer3-web-htdocs-0.3.0の中身は普通に/Library/WebServer/Documents/の下の適当な場所に。

  11. cgiファイルの修正
  12. PATHを通します。修正したのは、primer3_results.cgiの

    $PRIMER_BIN =  "/usr/local/bin/primer3_core";

    $PRIMER_BIN =  "/bin/primer3_core";

    に変更しただけです。

primer3_core自体のビルドは一応成功し、make testの結果もパスしているのですが、Webインターフェースであるcgiを動かすとエラーでまくりになります。
ローカルで実行すると、

$ primer3_core < ./example
SEQUENCE_ID=example
SEQUENCE_TEMPLATE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG
SEQUENCE_TARGET=37,21
PRIMER_TASK=pick_detection_primers
PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER=1
PRIMER_OPT_SIZE=18
PRIMER_MIN_SIZE=15
PRIMER_MAX_SIZE=21
PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED=1
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=75-100
P3_FILE_FLAG=1
SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION=37,21
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1
PRIMER_LEFT_EXPLAIN=considered 65, too many Ns 17, low tm 44, ok 4
PRIMER_RIGHT_EXPLAIN=considered 228, low tm 96, high tm 57, high any compl 4, high end compl 18, ok 53
PRIMER_INTERNAL_EXPLAIN=considered 352, too many Ns 36, overlap excluded region 31, low tm 33, high tm 201, ok 51
PRIMER_PAIR_EXPLAIN=considered 9, unacceptable product size 2, high end compl 2, ok 5
PRIMER_LEFT_NUM_RETURNED=5
PRIMER_RIGHT_NUM_RETURNED=5
PRIMER_INTERNAL_NUM_RETURNED=5
PRIMER_PAIR_NUM_RETURNED=5
PRIMER_PAIR_0_PENALTY=3.476972
PRIMER_LEFT_0_PENALTY=3.380952
PRIMER_RIGHT_0_PENALTY=0.096021
PRIMER_INTERNAL_0_PENALTY=3.098711
PRIMER_LEFT_0_SEQUENCE=TGACNACTGACGATGCAGA
PRIMER_RIGHT_0_SEQUENCE=ATCGATTTGGGTCGGGAT
PRIMER_INTERNAL_0_SEQUENCE=GGTATTAGTGGGCCATTCG
PRIMER_LEFT_0=15,19
PRIMER_RIGHT_0=94,18
PRIMER_INTERNAL_0=58,19
PRIMER_LEFT_0_TM=57.619
PRIMER_RIGHT_0_TM=60.096
PRIMER_INTERNAL_0_TM=57.901
PRIMER_LEFT_0_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_RIGHT_0_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_INTERNAL_0_GC_PERCENT=52.632
PRIMER_LEFT_0_SELF_ANY=4.00
PRIMER_RIGHT_0_SELF_ANY=6.00
PRIMER_INTERNAL_0_SELF_ANY=5.00
PRIMER_LEFT_0_SELF_END=0.00
PRIMER_RIGHT_0_SELF_END=2.00
PRIMER_INTERNAL_0_SELF_END=2.00
PRIMER_LEFT_0_END_STABILITY=8.2000
PRIMER_RIGHT_0_END_STABILITY=9.3000
PRIMER_PAIR_0_COMPL_ANY=4.00
PRIMER_PAIR_0_COMPL_END=3.00
PRIMER_PAIR_0_PRODUCT_SIZE=80
PRIMER_PAIR_1_PENALTY=3.509216
PRIMER_LEFT_1_PENALTY=3.319181
PRIMER_RIGHT_1_PENALTY=0.190035
PRIMER_INTERNAL_1_PENALTY=0.215550
PRIMER_LEFT_1_SEQUENCE=TGACNACTGACGATGCAGAC
PRIMER_RIGHT_1_SEQUENCE=TATCGATTTGGGTCGGGA
PRIMER_INTERNAL_1_SEQUENCE=GGTATTAGTGGGCCATTCGA
PRIMER_LEFT_1=15,20
PRIMER_RIGHT_1=95,18
PRIMER_INTERNAL_1=58,20
PRIMER_LEFT_1_TM=58.681
PRIMER_RIGHT_1_TM=59.810
PRIMER_INTERNAL_1_TM=59.784
PRIMER_LEFT_1_GC_PERCENT=52.632
PRIMER_RIGHT_1_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_INTERNAL_1_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_LEFT_1_SELF_ANY=4.00
PRIMER_RIGHT_1_SELF_ANY=6.00
PRIMER_INTERNAL_1_SELF_ANY=5.00
PRIMER_LEFT_1_SELF_END=1.00
PRIMER_RIGHT_1_SELF_END=2.00
PRIMER_INTERNAL_1_SELF_END=4.00
PRIMER_LEFT_1_END_STABILITY=6.4000
PRIMER_RIGHT_1_END_STABILITY=11.4000
PRIMER_PAIR_1_COMPL_ANY=4.00
PRIMER_PAIR_1_COMPL_END=3.00
PRIMER_PAIR_1_PRODUCT_SIZE=81
PRIMER_PAIR_2_PENALTY=3.570987
PRIMER_LEFT_2_PENALTY=3.380952
PRIMER_RIGHT_2_PENALTY=0.190035
PRIMER_INTERNAL_2_PENALTY=0.215550
PRIMER_LEFT_2_SEQUENCE=TGACNACTGACGATGCAGA
PRIMER_RIGHT_2_SEQUENCE=TATCGATTTGGGTCGGGA
PRIMER_INTERNAL_2_SEQUENCE=GGTATTAGTGGGCCATTCGA
PRIMER_LEFT_2=15,19
PRIMER_RIGHT_2=95,18
PRIMER_INTERNAL_2=58,20
PRIMER_LEFT_2_TM=57.619
PRIMER_RIGHT_2_TM=59.810
PRIMER_INTERNAL_2_TM=59.784
PRIMER_LEFT_2_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_RIGHT_2_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_INTERNAL_2_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_LEFT_2_SELF_ANY=4.00
PRIMER_RIGHT_2_SELF_ANY=6.00
PRIMER_INTERNAL_2_SELF_ANY=5.00
PRIMER_LEFT_2_SELF_END=0.00
PRIMER_RIGHT_2_SELF_END=2.00
PRIMER_INTERNAL_2_SELF_END=4.00
PRIMER_LEFT_2_END_STABILITY=8.2000
PRIMER_RIGHT_2_END_STABILITY=11.4000
PRIMER_PAIR_2_COMPL_ANY=4.00
PRIMER_PAIR_2_COMPL_END=2.00
PRIMER_PAIR_2_PRODUCT_SIZE=81
PRIMER_PAIR_3_PENALTY=4.016052
PRIMER_LEFT_3_PENALTY=3.920032
PRIMER_RIGHT_3_PENALTY=0.096021
PRIMER_INTERNAL_3_PENALTY=3.098711
PRIMER_LEFT_3_SEQUENCE=ATGACNACTGACGATGCAGA
PRIMER_RIGHT_3_SEQUENCE=ATCGATTTGGGTCGGGAT
PRIMER_INTERNAL_3_SEQUENCE=GGTATTAGTGGGCCATTCG
PRIMER_LEFT_3=14,20
PRIMER_RIGHT_3=94,18
PRIMER_INTERNAL_3=58,19
PRIMER_LEFT_3_TM=58.080
PRIMER_RIGHT_3_TM=60.096
PRIMER_INTERNAL_3_TM=57.901
PRIMER_LEFT_3_GC_PERCENT=47.368
PRIMER_RIGHT_3_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_INTERNAL_3_GC_PERCENT=52.632
PRIMER_LEFT_3_SELF_ANY=4.00
PRIMER_RIGHT_3_SELF_ANY=6.00
PRIMER_INTERNAL_3_SELF_ANY=5.00
PRIMER_LEFT_3_SELF_END=0.00
PRIMER_RIGHT_3_SELF_END=2.00
PRIMER_INTERNAL_3_SELF_END=2.00
PRIMER_LEFT_3_END_STABILITY=8.2000
PRIMER_RIGHT_3_END_STABILITY=9.3000
PRIMER_PAIR_3_COMPL_ANY=4.00
PRIMER_PAIR_3_COMPL_END=3.00
PRIMER_PAIR_3_PRODUCT_SIZE=81
PRIMER_PAIR_4_PENALTY=4.110067
PRIMER_LEFT_4_PENALTY=3.920032
PRIMER_RIGHT_4_PENALTY=0.190035
PRIMER_INTERNAL_4_PENALTY=0.215550
PRIMER_LEFT_4_SEQUENCE=ATGACNACTGACGATGCAGA
PRIMER_RIGHT_4_SEQUENCE=TATCGATTTGGGTCGGGA
PRIMER_INTERNAL_4_SEQUENCE=GGTATTAGTGGGCCATTCGA
PRIMER_LEFT_4=14,20
PRIMER_RIGHT_4=95,18
PRIMER_INTERNAL_4=58,20
PRIMER_LEFT_4_TM=58.080
PRIMER_RIGHT_4_TM=59.810
PRIMER_INTERNAL_4_TM=59.784
PRIMER_LEFT_4_GC_PERCENT=47.368
PRIMER_RIGHT_4_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_INTERNAL_4_GC_PERCENT=50.000
PRIMER_LEFT_4_SELF_ANY=4.00
PRIMER_RIGHT_4_SELF_ANY=6.00
PRIMER_INTERNAL_4_SELF_ANY=5.00
PRIMER_LEFT_4_SELF_END=0.00
PRIMER_RIGHT_4_SELF_END=2.00
PRIMER_INTERNAL_4_SELF_END=4.00
PRIMER_LEFT_4_END_STABILITY=8.2000
PRIMER_RIGHT_4_END_STABILITY=11.4000
PRIMER_PAIR_4_COMPL_ANY=4.00
PRIMER_PAIR_4_COMPL_END=2.00
PRIMER_PAIR_4_PRODUCT_SIZE=82
=

と、このようにきちんと結果を吐き出しますが、primer3-webでは、

Primer3 Output

Unrecognized tag: SEQUENCE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG
Unrecognized tag: PRIMER_MAX_MISPRIMING=12.00
Unrecognized tag: PRIMER_PAIR_MAX_MISPRIMING=24.00
Unrecognized tag: PRIMER_MAX_DIFF_TM=100.0
Unrecognized tag: PRIMER_SELF_ANY=8.00
Unrecognized tag: PRIMER_SELF_END=3.00
Unrecognized tag: PRIMER_NUM_NS_ACCEPTED=0
Unrecognized tag: PRIMER_SALT_CONC=50.0
Unrecognized tag: PRIMER_WT_COMPL_ANY=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_WT_COMPL_END=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_WT_REP_SIM=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_PAIR_WT_REP_SIM=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_SIZE=18
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_OPT_SIZE=20
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_SIZE=27
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_TM=57.0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_OPT_TM=60.0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_TM=63.0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_GC=20.0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_GC=80.0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SELF_ANY=12.00
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SELF_END=12.00
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_NUM_NS=0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_POLY_X=5
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MISHYB_LIBRARY=
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_MISHYB=12.00
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SALT_CONC=50.0
Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_DNA_CONC=50.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_TM_LT=1.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_TM_GT=1.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SIZE_LT=1.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SIZE_GT=1.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_GC_PERCENT_LT=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_GC_PERCENT_GT=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_COMPL_ANY=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_NUM_NS=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_REP_SIM=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SEQ_QUAL=0.0
Unrecognized tag: PRIMER_SEQUENCE_ID=
/bin/primer3_core: Unrecognized tag: SEQUENCE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG; Unrecognized tag: PRIMER_MAX_MISPRIMING=12.00; Unrecognized tag: PRIMER_PAIR_MAX_MISPRIMING=24.00; Unrecognized tag: PRIMER_MAX_DIFF_TM=100.0; Unrecognized tag: PRIMER_SELF_ANY=8.00; Unrecognized tag: PRIMER_SELF_END=3.00; Unrecognized tag: PRIMER_NUM_NS_ACCEPTED=0; Unrecognized tag: PRIMER_SALT_CONC=50.0; Unrecognized tag: PRIMER_WT_COMPL_ANY=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_WT_COMPL_END=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_WT_REP_SIM=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_PAIR_WT_REP_SIM=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_SIZE=18; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_OPT_SIZE=20; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_SIZE=27; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_TM=57.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_OPT_TM=60.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_TM=63.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_GC=20.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_GC=80.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SELF_ANY=12.00; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SELF_END=12.00; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_NUM_NS=0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_POLY_X=5; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MISHYB_LIBRARY=; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_MISHYB=12.00; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SALT_CONC=50.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_DNA_CONC=50.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_TM_LT=1.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_TM_GT=1.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SIZE_LT=1.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SIZE_GT=1.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_GC_PERCENT_LT=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_GC_PERCENT_GT=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_COMPL_ANY=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_NUM_NS=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_REP_SIM=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SEQ_QUAL=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_SEQUENCE_ID=
INPUT PROBLEM: Unrecognized tag: SEQUENCE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG; Unrecognized tag: PRIMER_MAX_MISPRIMING=12.00; Unrecognized tag: PRIMER_PAIR_MAX_MISPRIMING=24.00; Unrecognized tag: PRIMER_MAX_DIFF_TM=100.0; Unrecognized tag: PRIMER_SELF_ANY=8.00; Unrecognized tag: PRIMER_SELF_END=3.00; Unrecognized tag: PRIMER_NUM_NS_ACCEPTED=0; Unrecognized tag: PRIMER_SALT_CONC=50.0; Unrecognized tag: PRIMER_WT_COMPL_ANY=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_WT_COMPL_END=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_WT_REP_SIM=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_PAIR_WT_REP_SIM=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_SIZE=18; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_OPT_SIZE=20; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_SIZE=27; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_TM=57.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_OPT_TM=60.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_TM=63.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_GC=20.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_GC=80.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SELF_ANY=12.00; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SELF_END=12.00; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_NUM_NS=0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_POLY_X=5; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MISHYB_LIBRARY=; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MAX_MISHYB=12.00; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_MIN_QUALITY=0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_SALT_CONC=50.0; Unrecognized tag: PRIMER_INTERNAL_OLIGO_DNA_CONC=50.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_TM_LT=1.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_TM_GT=1.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SIZE_LT=1.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SIZE_GT=1.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_GC_PERCENT_LT=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_GC_PERCENT_GT=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_COMPL_ANY=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_NUM_NS=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_REP_SIM=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_IO_WT_SEQ_QUAL=0.0; Unrecognized tag: PRIMER_SEQUENCE_ID=

(primer3_results.cgi release 0.3.0)

って感じで(スクロールおつかれさまでした)。

なんとかしたいけど、緊急度低いので、これに関しては後回し。

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